1Despertar
Cuando ocurre una serie de ataques misteriosos que involucran a AutoReivs infectados con Cogito, se asigna a Re-l para investigar y se encuentra con un monstruo humanoide. Más tarde, es atacada por dos de estos monstruos en su casa.
2Confesión
Re-l lucha por convencer a sus compañeros de sus encuentros con los monstruos, que se entera de que se llaman Proxy. Ella se retira de la investigación y descubre que Iggy ha borrado sus recuerdos de eventos recientes. Mientras tanto, Vincent se encuentra huyendo de un proxy y luego de las autoridades de la ciudad.
3Mazecity
Romdo ya no es un refugio seguro para Vincent. Él está tratando de evitar la captura por parte de las autoridades. Mientras huye, se encuentra con el AutoReiv Pino infectado. Pino luego le muestra la forma de escapar de Romdo al mundo exterior. Re-l lucha por contactar a Vincent y descubrir la verdadera naturaleza de su relación con el Proxy.
4Futuro-riesgo
Vincent y Pino son acogidos por una pequeña comuna, cuyos habitantes se ganan la vida con los desechos arrojados por la Cúpula. Mientras tanto, Raúl planea su movimiento para localizar y capturar a Vincent.
5Tasogare
Re-l se enfrenta al mundo exterior para llevar a Vincent de vuelta a Romdo. Mientras está allí, Raúl comienza su plan para capturar a Vincent atacando la Comuna con drones de patrulla. El traje ambiental de Re-l está dañado y Vincent resulta herido en el ataque. Re-l se confirman las sospechas de que existe un vínculo entre Vincent y los Proxies.
6Regreso a la cúpula
La vida de Re-l se pone en peligro cuando se enferma después de la exposición al entorno hostil. Hoody trama un astuto plan para engañar a Raúl y regresar con Romdo. Quinn lidera un grupo en un escape de la Comuna usando el Conejo.
7Re-L124C41+
Re-l se recupera de su enfermedad. Dédalo le muestra los inquietantes mecanismos responsables de la continua supervivencia de la Cúpula. Vincent se dirige a casa, perdiendo lentamente a sus compañeros en el camino y terminando solo con Pino. Un grupo de AutoReivs infectados se desata en Re-l, Iggy y Daedalus. El episodio termina con Daedalus llenando el certificado de defunción de Re-l.
8Signo brillante
Vincent y Pino se topan con Halos devastados por la guerra, donde se ven atrapados en una guerra entre los habitantes humanos del domo y sus AutoReivs autónomos.
9Parte de ángel
Vincent conoce a un hombre llamado Hauer y descubre algunas verdades sobre Halos y Proxies, y descubre una revelación horrible.
10Citotropismo
Inquieto por los últimos acontecimientos, Raúl cuestiona el futuro de Romdo. Mientras tanto, Re-l e Iggy exploran una extraña cúpula anticuada habitada solo por primitivos AutoReivs.
11Anamnesia
Vincent encuentra una librería extraña y un anciano aún más extraño, donde descubre más sobre su verdadera naturaleza. Re-l e Iggy se ponen al día con el Centzon (el Conejo, el barco volador en el que viaja Vincent).
12Escondite
El grupo se enfrenta a un Proxy vagabundo y su compañero AutoReiv, y Re-l pone en práctica su nueva arma.
13Camino equivocado a casa
Un Iggy infectado se enfurece y secuestra a Re-l, y se dispone a matar a Vincent. Re-l se enfrenta nuevamente al AutoReiv sin hogar.
14Ofelia
Mientras descansan en una cúpula abandonada hace mucho tiempo, ocurren sucesos extraños y la vida del trío está en peligro.
15¿Quién quiere estar en peligro!
Al encontrarse en un extraño programa de juegos en vivo, el conocimiento de trivia de Vincent se pone a prueba mientras lucha por su vida.
16Ocupado haciendo nada
Cuando los vientos se apagan, el trío queda varado a bordo del Centzon y Re-l se encuentra luchando por mantener su cordura.
17Tierra desconocida
Romdo está en alerta máxima mientras buscan al fugitivo Raúl, que planea activar un arma mortal. Mientras tanto, el trío descubre extraños humanoides que viven dentro de un sistema de cuevas tóxicas.
18La vida después de Dios
El trío llega a la devastada Mosko, la ciudad natal de Vincent, y descubre que las verdades llevan de regreso a Romdo.
19Sonrisa eterna
Pino explora la misteriosa Tierra de la Sonrisa con NaKaMa y se enfrenta al Creador de la ciudad.
20Adiós Vicente
Vincent se encuentra atrapado dentro de la conciencia de Re-l y observa impotente cómo se desarrollan los eventos.
21Champú planeta
Un brote de Cogito se extiende por Romdo y la ciudad cae en el caos. Vincent incita a la gente a rebelarse, empujándolos a cazar y matar a todos los AutoReivs.
22Bilbul
A medida que la ciudad continúa desmoronándose, Vincent y Re-l se encuentran con Proxy One. Raúl está abrumado por el arrepentimiento y la desesperación, y se dispone a buscar a Pino.
23Deus Ex machina
Se juegan piezas y se descubren revelaciones a medida que comienza la pelea final. Monad regresa e intenta convencer a Vincent de que se una a ella.