1El Ataque de los Twonkies Part 1
Jimmy y sus amigos participan en un concurso de cine, pero descubren que es una trampa del Profesor Calamitus, quien intenta eliminarlos durante el rodaje. Tras frustrar sus planes, Jimmy decide crear una película combinando las historias de sus amigos.
2El Ataque de los Twonkies Part 2
Después de obtener superpoderes tras atravesar un anillo de radiación, Jimmy y sus amigos intentan formar una liga de superhéroes. Sin embargo, al no controlar sus habilidades, causan caos y descubren que sus átomos comienzan a disolverse. Ahora, Jimmy debe encontrar una cura antes de que desaparezcan por completo.
3¡Luces!, ¡Cámara!, ¡Peligro!
Jimmy y sus amigos viajan al futuro, pero un error con un regalo altera su destino y convierte a Libby en una dictadora de la moda. Para restaurar la línea temporal, deben regresar al presente y destruir la causa del problema.
4Los Hombres N
Cuando la empresa automotriz de Hugh decide irse de la ciudad, la familia Neutrón debe mudarse, pero Jimmy no quiere irse. Un accidente con nanobots causa estragos en Retroville, destruyendo autos y convenciendo a la empresa de quedarse, permitiendo que Jimmy y su familia no se muden.
5Los Niños del Mañana
Jimmy y Cindy discuten sobre el ecuador y viajan a comprobarlo con sus amigos, pero terminan perdidos en una isla. Tras enfrentar peligros y hacer las paces, logran reparar la nave y regresar a casa.
6Caos en Retroville
Frustrado porque su escuela limita su aprendizaje, Jimmy ingresa a la prestigiosa Escuela Pomona. Sin embargo, un estudiante lo humilla y usa su invento para el caos, pero Jimmy y sus amigos logran detenerlo y salvar a la escuela.
7Perdidos
Jimmy y sus amigos regresan al planeta de las medusas espaciales, donde Carl accidentalmente queda "embarazado" de un alien. Finalmente, logra devolverlo a su madre y lo nombra Shmengo.
8Jimmy Va a la Universidad
Jimmy y su familia visitan a su tía Amanda para su cumpleaños, pero deben comportarse bien para no ser eliminados del testamento. Tras descubrir que el bebé de la familia intentaba matarla por su fortuna, Jimmy lo expone como un genio malvado y salva a todos, ganándose el perdón de la tía.
9La liga de los villanos Parte 1
Linda Hermosa escapa de prisión y trama vengarse de Jet y Jimmy. Se hace pasar por novia de Jet, pero su plan de hipnotizar a Jimmy y hacer que ataque a quien diga "Yo tengo el anillo" fracasa cuando Sheen y Carl evitan la boda, recordándole a Jimmy el plan malvado.
10La liga de los villanos Parte 2
Yoo-Yee busca reemplazar al elegido de Shangri-Llama, pero al no poder, secuestra a Libby en lugar de a Sheen para enfrentarlo. Sheen y sus amigos logran rescatarla, y con la ayuda del "Ojo del Tigre", Sheen derrota a Yoo-Yee.
11El Bebé Alien/Los Primos de Jimmy
Tras ser burlado por su estatura, Jimmy usa su rayo encogedor, pero un accidente hace que todos se reduzcan de tamaño. Peor aún, son secuestrados por bandidos espaciales que planean venderlos como juguetes.
12Mi Gran Boda Espía
La Abuela Taters hipnotiza a la ciudad para convertir a todos en sus esclavos felices, excepto Jimmy y Cindy. Juntos logran detenerla, revertir el daño y hacer que regrese a su planeta, donde se reúne con otras abuelas de su raza.
13La Pelea de Sheen
Para impresionar a Betty Quinlan, Jimmy crea un espectáculo de magia, pero los celos de Cindy los envían a otra dimensión. Con la ayuda del mago Spamdini logran regresar, mientras él decide explorar la dimensión del salchichón.
14La Hora Poderosa de Jimmy y Timmy 2: ¡Cuando los Genios Chocan!
El Clon Malvado de Jimmy Regresa para vengarse de Jimmy y con un dispositivo de clonación para hacer un clon malvado del planeta y Jimmy tiene que detenerlo
15Retroville en Miniatura
Jimmy, Carl y Sheen viajan al cuadrángulo de las Bahamas para desmentir su mito, pero el Dr. Sydney Musgo intenta convertirlos en hombres alga. Al final, logran derrotarlo y escapar.
16Uno de Nosotros/Desaparición
Carl conoce a una nueva amiga llamada Elke Elkberg que vive en Suecia y vino a conocerlo, pero Carl entro en pánico, así que le pide a Jimmy ser el niño genio por un día para impresionarla.
17Los Problemas Con los Clones
Jimmy es incriminado en un robo cuando usan sus inventos para el crimen. Desde la prisión, junto a Carl y Sheen, descubre que el verdadero culpable es el oficial Bueford Lee Stormshuckle y logra demostrar su inocencia.
18El Misterio de las Bahamas/Carl Wheezer, el Niño Genio
Hugh usa a Flippy para el evento del Día del Padre, pero sus malos chistes llevan a Jimmy a crear un chip especial. Sin embargo, el muñeco cobra vida y le roba el cerebro a Jimmy.
19¿Quién Engañó a Jimmy Neutrón?/Flippy
Jimmy envía a los maestros a otra dimensión para cancelar las clases, pero Carl arruina el plan llamando a sus padres, quienes se vuelven maestros temporales. Al intentar rebelarse, los adultos toman su fórmula por error, hasta que los maestros regresan y castigan a Jimmy.
20La Hora Poderosa de Jimmy y Timmy 3: Creadores de Monstruos
Jimmy hackea la red satelital y crea un noticiero infantil con Carl y Sheen, pero Libby causa problemas al revelar secretos de sus amigos. Intentan desacreditarla, pero todo termina con la cancelación del programa.
21Cómo Hundir Un Submarino/La Chica del Noticiario
Jimmy y sus amigos viajan a Marte en busca de una fuente de energía infinita, pero Eustace intenta robársela. Cindy traiciona al grupo, pero luego se redime cuando los marcianos amenazan con destruir la Tierra. Jimmy salva el día y regresa con una parte de la energía marciana.
22El Rey de Marte
El padre de Sheen, sintiéndose ignorado, le pide a Jimmy que lo convierta en el superhéroe "El Magnífico" por un día. Sin embargo, su verdadera habilidad en refrigeración termina salvando a Sheen y Carl de un peligro mortal.
23El Magnífico/El Mejor del Espectáculo
En un concurso de mascotas en Retroville, Goddard y Jimmy ganan inicialmente, pero son descalificados al descubrir que Goddard es una máquina. Afectado por las críticas, Goddard decide irse, sintiendo que merecía un perro real. Sin embargo, demuestra su valentía al salvar a Cindy y Humphrey de un peligro mortal, ganando un trofeo por su heroísmo.