1Singulières vacances d'été
Les vacances d'été commencent. Tomoya et Nagisa ont un peu de mal à gérer leur nouvelle relation. C'est alors que Mei débarque, pour le meilleur et surtout pour le pire !
2Un autre monde : Tomoyo After
Dans une autre ligne temporelle, Tomoya a choisi Tomoyo en lieu et place de Nagisa. Quelles joies et épreuves attendent le jeune couple ?
3Les Anecdotes du passé
Un an avant la rencontre entre Nagisa et Tomoya, ce dernier faisait les quatre cents coups avec Sunohara. C'est à l'occasion d'une petite farce de plus qu'il a rencontré l'une des filles qui seraient amenées à changer son destin, Kyô Fujibayashi.
4Sous le feuillage vert
Tomoya raconte à Ushio tous les événements qui ont précédé sa naissance, de sa rencontre avec sa maman à ses premiers pas dans le monde adulte.
5Un autre monde : Kyô After
Dans cette ligne temporelle, Tomoya ne sort pas avec Nagisa mais avec Ryô Fujibayashi, qui a su prendre son courage à deux mains. Si Tomoya et elle forment au début un couple harmonieux sur tous les plans, des sentiments conflictuels vont venir mettre leur bonne volonté en péril.