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Prologue
1Un jour d'hiver, la nuit du destin
Les événements du dernier épisode évoluent sous une perspective différente, alors que Shirō repousse l'attaque de Lancer avant de convoquer Saber.
2Le lever de rideau
Rin tente d'expliquer la Guerre du Saint Graal et son rôle de Maître à Shirō avec l'aide de son mentor, Kirei Kotomine.
3Première bataille
Rin, Archer, Shirō et Saber affrontent Berserker, une nouvelle Servante apparemment imparable, au cours d'une bataille de longue haleine qui pourrait tous les détruire.
4Raison de combattre
Shirō apprend la vérité sur Saber et sur le fonctionnement des sept Servants. Rin et Archer combattent un ennemi qui se nourrit d'énergie vitale humaine.
5Danse après l'école
Rin menace de blesser Shirō s'il ne renonce pas à ses sceaux de commande, puis tous deux décident de faire une trêve lorsqu'un Servant inconnu lance une attaque.
6Mirage
Après avoir conclu une trêve, Rin et Shirō poursuivent la Servante inconnue et découvrent un secret qui révèle une conspiration encore plus importante.
7La récompense d'un combat à mort
Après avoir défendu Shirō, Archer laisse Caster s'enfuir, une décision qui provoque colère et confusion.
8Un jour d'hiver, là où est le cœur
Shinji crée une nouvelle barrière autour de l'école, sapant l'énergie de tous ceux à l'intérieur, sauf Rin et Shirō qui sont assaillis par des créatures surnaturelles.
9La distance entre elles
Après avoir parlé avec Taiga et Saber pendant le dîner, Shirō se demande s'il veut devenir un héros justicier ou simplement suivre le chemin de Kiritsugu.
10Le cinquième maître
Shirō et Saber aident Rin à tester sa théorie selon laquelle Kuzuki est le Maître de Caster, mais la vérité est plus sinistre que tout ce qu'ils auraient pu imaginer.
11Visite légère comme la brise
Alors qu'un Shirō blessé et Rin élaborent un plan contre Caster, Shirō réalise qu'il doit défendre ses idéaux devant elle et Archer.
12Le dernier choix
Shirō, Rin et Saber sont pris derrière une barrière invisible dressée par Caster, qui a déchaîné des pouvoirs inconnus contre eux lors d'une bataille pour le Saint Graal.