1Pour la cause
Lorsqu'une mystérieuse affaire tourne mal, laissant derrière elle de nombreux cadavres, la Fugitive Task Force se rend en Virginie pour recoller les morceaux avec l'aide d'un visage familier et d'un nouveau membre, l'agent spécial Nina Chase. Par ailleurs, Remy Scott continue de se débattre avec les conséquences de sa relation avec son neveu perdu de vue depuis longtemps.
2La brigade fantôme
L'équipe passe à la vitesse supérieure après que de multiples attentats à la bombe semblent viser des officiers retraités de la police de New York. De plus, Ray décide qu'il est prêt à passer à l'étape suivante dans sa relation avec Cora.
3Intelligence superficielle
Lorsque la femme dont le visage est celui d'un robot IA populaire est retrouvée violemment assassinée dans une chambre d'hôtel de Brooklyn, la Fugitive Task Force entre en action pour découvrir qui l'a attirée là en premier lieu. Pendant ce temps, Hana aide une jeune diplômée de Quantico qui espère suivre ses traces.
4L'homme creux
L'équipe se rend dans le nord de l'État pour participer à la recherche de femmes autochtones disparues et assassinées et pour traquer le tueur en série responsable. Pendant ce temps, Barnes s'efforce de trouver du temps pour sa femme.
5Avant qu'il ne soit trop tard
Lorsqu'une équipe de débat d'un lycée et leur professeur d'anglais sont kidnappés dans la campagne de Pennsylvanie, l'équipe se précipite sur les lieux pour découvrir qui les a enlevés et ce qu'ils veulent avant qu'il ne soit trop tard. De plus, Remy aide Corey à se sortir d'un mauvais pas.
6Sur la touche
Après la mobilisation de la Fugitive Task Force pour aider à appréhender un tireur actif sur un campus universitaire dans le Queens, celle-ci se retrouve au milieu du monde clinquant du basket-ball universitaire. Par ailleurs, Barnes et Charlotte tentent d'améliorer leur relation.
7Le prix de la trahison
L'équipe intervient après que quatre détectives ont été abattus lors d'un échange de prisonniers à l'extérieur d'un restaurant dans le New Jersey.
8Une mère en colère (1)
Une transaction de drogue entre deux adolescents est interrompue lorsqu'une femme d'âge mûr les enlève sous la menace d'une arme. La Fugitive Task Force intervient pour les sauver. Par ailleurs, Nina et Scola s'affrontent sur la façon d'élever leur enfant. Début d'un crossover qui se termine dans FBI S06E09.
9L'art de la manipulation
Lorsque deux gardes armés sont abattus alors qu'ils transportent des artefacts nigérians d'une valeur de plusieurs millions de dollars vers un musée de Brooklyn, l'équipe s'empresse d'attraper les voleurs. De plus, Ray parle à son père de sa relation avec Cora.
1026 heures chrono
Lorsqu'un juge fédéral et sa femme sont abattus à New York, l'équipe cherche et trouve un lien avec un homme qui est à quelques heures d'être exécuté dans le Missouri. Pendant ce temps, Rémy et Hana sont tous deux confrontés au fait d'être célibataires et de vivre seuls.
11Silence radio
Lorsque deux officiers de la police de New York sont abattus par un mystérieux assaillant alors qu'ils intervenaient sur un cambriolage, l'équipe doit agir rapidement pour attraper le coupable avant que d'autres officiers ne soient pris pour cible. Pendant ce temps, Barnes est confrontée à la volonté de Charlotte de divorcer et menace de déménager avec les enfants.
12Coup de poker
Lorsqu'un informateur de la police lié à la mafia est retrouvé assassiné avant qu'un grand patron du crime ne soit inculpé d'accusations fédérales, l'équipe se lance à la poursuite de ses assassins. Pendant ce temps, Hana se rapproche d'Ethan.
13Menace sur Manhattan
La Fugitive Task Force s'efforce d'attraper le coupable qui menace Manhattan d'une bombe sale. Pendant ce temps, Ray se prépare à célébrer une étape importante de sa vie à l'approche de son mariage avec Cora.