1Début - Danger - Message
Les services de l'agent spécial Makoto Midorikawa, qui peut voir les souvenirs de tout ce qu'il touche, sont requis lors d'une enquête sur une étrange explosion de gaz.
2Fuite - Passé - Destin
Lui-même Sensitif, l'agent de la résistance Jack Norman utilise sa capacité extrasensorielle pour poursuivre Sarah Coppola, l'ancienne chercheuse de XM.
3Avancée - Découverte - Conflit
Sarah et Makoto se rendent au labo secret de Hulong dans les bois de Kyoto, mais se heurtent en cours de route à l'opposition de Jack et aux forces de sécurité de Liu.
4Séparation - Collaboration - Poursuite
Dépassée par les forces de sécurité, Sarah se rend afin de sauver la vie de Makoto, mais elle est trahie par Liu peu après.
5Aventure - Portail - Potentiel
Après s'être procuré des passeports auprès d'un faussaire professionnel nommé Zion, Makoto et Jack Norman s'envolent pour la Suisse afin de sauver Sarah de Hulong.
6Illumination - Résistance - Chaos
Pendant que les chercheurs de Hulong testent les effets du XM sur le corps de Sarah, ses capacités accrues lui permettent de parler à Makoto au travers du portail.
7Nature - Civilisation - Âme
Aidé par les protecteurs d'un ancien site sacré, Makoto utilise ses pouvoirs pour emprunter un autre chemin, tandis que les mercenaires à leurs trousses se rapprochent.
8Oubli - Données - Rebelle
En route vers le CERN pour secourir Sarah, Makoto et Jack sont contactés par "ADA," l'intelligence artificielle initialement créée pour analyser les données de XM.
9Vie - Mort - Vérité
Alors que le corps de Jack commence à le trahir, Liu révèle toutes les mesures prises par Christopher Brandt pour contrôler les terribles pouvoirs de Dark XM.
10Destruction - Création - Réponse
Les portails rouges s'emparant de l'intégralité du réseau de XM, les porteurs de lunettes à matière Dark XM s'effondrent un à un dans une terrible agonie.
- 11
Nous - Eux - Tous
L'effroyable conspirateur se rapproche peu à peu de son objectif. Pendant ce temps, Makoto affronte Liu, qui reste déterminé à finir ce qu'il a commencé.