1Commencement
Né dans une colonie de l'espace fondée il y a plusieurs siècles, Nagate fait ses armes en tant que pilote pour combattre un vieil ennemi.
2Oubli
Toujours hanté par les souvenirs de son premier combat face aux Gaunas, Nagate fait connaissance avec les pilotes d'élite de Sidonia.
3Gloire
Nagate se met à dos Kunato en tentant de protéger une amie. Pendant ce temps, les pilotes doivent faire face à l'attaque des Gaunas.
4Sacrifices
Après la catastrophe survenue à bord du Sidonia, Nagate doit récupérer une précieuse arme. Il décide ensuite de braver les interdits pour voler au secours d'une amie.
5À la dérive
Nagate et Shizuka dérivent dans l'espace en attendant l'arrivée salvatrice du Sidonia. Le manque de vivres commence peu à peu à se faire sentir.
6Salutations
Nagate et ses amis décrochent leur diplôme de pilote et sont rapidement envoyés au combat à l'approche de l'ennemi, pendant que Kunato s'intéresse à l'histoire de Nagate.
7Détermination
Trois équipes s'engagent dans une terrible bataille pour tenter d'anéantir un ennemi plus massif et mortel que jamais.
8Immortalité
Tenu responsable d'une défaite, Nagate se sent coupable de la mort de ses compagnons, tandis que la lumière est faite sur le passé du Sidonia.
9Affinité
Alors que les Gaunas ont trouvé un moyen inquiétant de contre-attaquer leurs adversaires, Nagate est de retour sur le Sidonia.
10Décisions
Les pacifistes se mettent en danger en quittant le Sidonia, tandis que leurs ennemis débarquent encore plus puissants et nombreux que jamais.
11Collision
Un énorme Gauna se dirige droit vers le Sidonia, et Nagate fait tout ce qui est en son pouvoir pour protéger ses amis.
12Foyer
Après l'impact des particules Heigus, les derniers pilotes unissent leurs forces pour tenter de s'introduire au cœur même de l'ennemi.