1La Fusion : première partie
Après qu'un mystérieux événement appelé "la Fusion" a bouleversé l'univers, un ninja en herbe fait équipe avec une geek ingénieuse pour survivre dans un monde inconnu.
2La Fusion : deuxième partie
Arin et Sora se découvrent de nouveaux pouvoirs qui pourraient leur permettre d'affronter les chasseurs de dragons. Le ninja vert pourra-t-il les aider à les maîtriser ?
3Le carnaval de la Jonction
Le jour de l'entraînement, Arin et Sora sortent du monastère pour assister au carnaval de la Jonction et découvrent un plan maléfique qui met leurs talents à l'épreuve.
4Au-delà de la folie
Quand le Bounty revient sans pilote, Arin, Sora et Lloyd suivent des indices pour comprendre ce qu'il est arrivé à Kai. Serait-ce un piège... ou quelque chose de pire ?
5Les écrivains de la destinée
Pour sauver le Royaume des nuages, les ninjas doivent collaborer afin de renvoyer une terrifiante bête à tentacules chez elle et de refermer la faille du tremblement.
6Retour à Impérium
Quand les ninjas découvrent un redoutable Photac, Sora pense que seule une mission à Impérium permettra de venir à bout de cette techno-créature indestructible.
7Des créatures stupides
À Impérium, Arin guide un groupe de jeunes justiciers motivés. Sora affronte une personne malfaisante de son passé. Lloyd libère une maîtresse élémentaire de prison.
8Le danger c'est moi
Pour libérer les dragons d'Impérium, les ninjas vont devoir travailler dur, réfléchir vite et trouver une sortie de taille ! Sauf si les Photacs arrivent avant.
9La paix intérieure
Sora pirate les rapports d'Impérium pour retrouver Riyu. Nya et Kai explorent un mystérieux passage. Lloyd mène un combat épique contre une armée de Photacs.
10La bataille du second Monastère
Les ninjas n'abandonnent jamais ! Nya, Kai et Zane redonnent de l'espoir au combat contre Impérium, tandis que Lloyd découvre un mystère caché sous la ville.
11Le temple des coeurs de dragons
La découverte d'un temple met les ninjas sur la piste d'un moyen d'arrêter les tremblements de Fusion. De son côté l'impératrice prépare sa revanche.
12Le gang des mers
Les ninjas se séparent pour trouver les trois cœurs de dragon. Lloyd et Arin sont retardés par un gang des mers et leur horrible crabe géant.
13Mauvaises blagues
Wyldfyre et Kai échappent de justesse à un autre obstacle et atteignent le Wildness mais le noyau du dragon jaune est possédé par des marées de lave, et Zane étudie la porte de téléportation du monastère avec M. Frohicky.
14Le dernier Djinn
Nya et Sora libèrent une malédiction en cherchant le cœur de dragon. Monsieur Frohicky fait de son mieux comme assistant gardien du monastère.
15On appelle ça la malédiction
Les trois équipes de ninjas tentent de s'emparer des cœurs de dragon, mais des ennemis et des alliés inattendus compliquent les recherches.
16La Terre des égarés
Dans la Terre des égarés, Nya retrouve une vieille connaissance tandis que Sora cherche une autre source d'énergie pour tenir à l'écart un drôle de monstre, le Stockeur.
17L'Administration
Lloyd et Arin arrivent à l'Administration, où ils apprennent que le cœur de dragon sera démoli s'ils ne réagissent pas rapidement et ne remplissent pas les bons formulaires.
18Le pouvoir absolu
Alors que les ninjas réfléchissent à un moyen de passer la barrière d'énergie d'Impérium, l'impératrice Beatrix teste une arme mortelle avec des cœurs de dragon volés.
19Tous des dragons
Pour révéler aux citoyens d'Impérium les mauvais traitements que fait subir l'impératrice Beatrix aux dragons, les ninjas doivent compter sur l'aide d'un infiltré.
20Le pouvoir du cœur
Lorsque la fureur de l'impératrice Beatrix provoque de dangereux tremblements de fusion, les ninjas doivent travailler main dans la main pour sauver le monde.