1Shibuya transporté
Sept ans après avoir été sauvé avec ses amis par la mystérieuse Milo, Daisuke continue à s'entraîner en attendant une terrible catastrophe... qui finit par arriver.
2Le complexe du héros
Sans le connaître, Milo enrôle Daisuke pour combattre le revision qui attaque le lycée, tandis que les autorités de Shibuya tentent de comprendre ce qui se passe.
3Les gardiens
En l'an 2388, le monde est décimé par une épidémie. Milo révèle à Daisuke et ses amis ce qu'elle sait du passé, quand soudain le mal attaque.
4Une offre de retour
Muta déclare que les revisions vont envoyer une liste de personnes qui retourneront en 2017 en échange des marionnettes. Choqué, Daisuke rencontre un revision.
5Le futur
Tandis que Muta est en prison et la police au pouvoir, le SDS continue à s'entraîner. Daisuke se veut leader du groupe, mais Kuroiwa souhaite que ce rôle revienne à Gai.
6Humains malgré tout
Dans les ruines de la fête d'anniversaire, Marimari fait dire à Milo la vérité sur les revisions. L'oncle de Daisuke s'échappe.
7Rhapsodie de minuit
Alors que Daisuke est emprisonné, Kuroiwa et les autres en apprennent davantage sur les revisions et sur ce que sait l'ARVH. Milo jure qu'ils pourront rentrer chez eux.
8Opération Nephilim
Daisuke et l'équipe partent en mission pour sauver les otages et détruire le cerveau quantique artificiel, mais les revisions sont à l'affût...
9Condamnés à l'extinction
En difficulté à cause de Keisaku, les revisions qui ont survécu se réorganisent. Profitant de la confusion de la DDS, les émules de Muta se lancent dans l'action.
10Notre ville
Milo informe tout le monde qu'il est bientôt temps pour elle de se rendre en 2010, mais pas avant de participer au combat contre Mukyu à la gare de Shibuya.
11Le dernier espoir
L'équipe écoute le message par lequel Milo révèle la vérité sur l'ARVH. Les Marionnettes n'ont plus d'énergie, et Shibuya perd peu à peu espoir.
12Retour en arrière
Le peuple de Shibuya est heureux que le retour ait fonctionné, mais il y a un prix à payer. Nicholas retourne dans le passé. Daisuke affronte Nicholas et Milo en 2010.