1Le retour du Loup
Un homme mystérieux qui se fait passer pour un pharmacien ambulant arrive à Tokyo et recherche Kenshin. Il ne trouve que Sanosuke, qu'il blesse gravement au cours d'un combat bref et violent. Hajime Saito, ancien membre des Shinsegumi et adversaire de Kenshin pendant la Révolution, est de retour.
2Le pire ennemi
Megumi est parvenue à soigner les blessures de Sanosuke et veille sur lui. Pendant ce temps, Saito envoie une lettre à Kenshin afin de l'attirer dans un piège tendu par Akamatsu, bien décidé à tuer Kenshin lui-même. Et pendant que Kenshin se bat avec Akamatsu, Saito se rend une nouvelle fois au dojo.
3La revanche démoniaque
Le combat fait rage. Mais Saito est un adversaire redoutable et Kenshin ne semble pas être à la hauteur. Seul Battosai l'assassin pourrait vaincre l'ancien Shinsengumi. Alors que les deux combattants sont prêts à jeter leurs dernières forces dans le duel, ils sont interrompus par l'arrivée d'un nouveau personnage.
4L'impensable
Nous sommes le 14 mai et c'est aujourd'hui que M. Okubo doit venir chercher la réponse de Kenshin. Tous les amis de ce dernier sont inquiets et espèrent qu'il ne reprendra pas la route et son métier d'assassin. Kenshin décide de partir à la rencontre d'Okubo, sans savoir qu'il n'aura jamais l'occasion de lui donner sa réponse.
5En route pour Kyoto !
Sanosuke est furieux que Kenshin se soit éclipsé sans rien lui dire et décide de partir pour Kyoto sur-le-champ. Il est arrêté par Saito, qui lui dit qu'il ne serait qu'un fardeau pour Kenshin. De son côté, Kaoru est apathique et refuse de manger, et il faut que ce soit Megumi qui vienne la secouer.
6Le retour d'Aoshi
Kaoru et Yahiko prennent le bateau pour se rendre à Kyoto. De son côté, Sanosuke est parti par la route et en profite pour s'entraîner en chemin afin de ne pas être le point faible de Kenshin. Pendant ce temps, au dojo, Megumi retrouve une vieille connaissance: Aoshi, le chef des Oniwaban Shu
7Misao Makimachi
Kenshin fait la connaissance de Misao, une jeune voleuse qui vient juste de dépouiller un groupe de brigands. Après l'avoir aidée à se débarrasser des brigands qui sont à sa poursuite, il apprend qu'elle connait fort bien les Oniwaban Shu et qu'elle se rend à Kyoto pour retrouver Aoshi.
8Le village de Shingetsu
Alors qu'ils sont toujours en route pour Kyoto, Kenshin et Misao tombent sur un jeune homme mourant qui tient son petit frère dans ses bras. Il s'agit d'un habitant d'un village tombé sous la coupe de Shishio et de ses hommes. Lorsque nos amis se rendent au village, ils découvrent que les parents du jeune homme ont été pendus.
9Makoto Shishio
Kenshin et Saito ont décidé d'aller confronter Shishio directement. Mais celui-ci ne prête aucune attention à leurs propos et, désireux d'observer la technique de Kenshin, il lance sur lui Senkaku, le géant qui fait régner la terreur sur le village d'Eiji et a tué les parents de ce dernier.
10Le sabre divin de Sojiro
Shishio, qui estime que Kenshin n'est pas digne de se battre avec lui, déclare qu'il l'attendra à Kyoto. Il espère que d'ici là, Kenshin sera redevenu Hitokiri Battosai, l'assassin légendaire. En attendant, Kenshin doit affronter un nouvel adversaire redoutable, Sojiro Seta, un samourai au visage angélique.
11L'entraînement de Sanosuke
Toujours en route vers Kyoto et complètement perdu, Sanosuke fait la connaissance d'un moine défroqué qui possède une technique de combat redoutable. Sanosuke lui demande de la lui enseigner. Le moine accepte, mais Sanosuke ne dispose que de sept jours pour maîtriser la technique, sinon il mourra.
12Le dernier sabre de Shakku
Kenshin et Misao sont enfin arrivés à Kyoto. Kenshin fait la connaissance du grand-père de Misao, lui aussi un ancien membre des Oniwaban Shu. Il lui demande son aide pour retrouver Shakku, le forgeron qui lui a fabriqué son sabre à lame inversée, afin de pouvoir remplacer son arme brisée.
13Combat fatal
Kenshin n'a pas le choix, il va devoir combattre Chô s'il veut sauver le petit Iori. Mais Chô est un adversaire redoutable, et Kenshin n'a que son sabre brisé pour se défendre. Pourra-t-il éliminer son adversaire sans le tuer et surtout, sans redevenir Battosai l'assassin?
14Le maître de Kenshin
Pour préparer Shishio, Kenshin demande à un ancien professeur de l’aider à maîtriser la dernière de ses techniques de combat. Cependant, Kenshin est distrait quand Kaoru et Yahiko finissent par le rattraper après leur long voyage.
15Alliance et trahison
Bien que Misao soit excitée par le retour de son mentor et héros, elle est stupéfaite de découvrir qu’Aoshi a trahi l’un de leurs plus proches amis.
16La technique de succession
Bien que Kenshin lutte pour apprendre, Sijuro lui enseigne la plus secrète de ses techniques de combat. Et bien que Kenshin ne veuille pas tuer, c’est inévitable s’il doit battre Shishio. Pendant ce temps, Sanosuke est arrêté pendant qu'il recherche Kenshin.
17Les Juppongatana
En prison, Sanosuke découvre le plan de Shishio qui est de renverser le gouvernement en recrutant une bande mortelle de samouraïs, y compris le guerrier aveugle Usui, pour vaincre Kenshin et Saito.
18Comme un oiseau !
Réuni avec Sanosuke, Kenshin établit plusieurs plans pour empêcher Shishio de brûler Tokyo et de créer la confusion dont il a besoin pour renverser le gouvernement. Cependant, Shishio met en place sa nouvelle arme, un cuirassé blindé caché dans un autre.
19Le purgatoire
Alors que Kenshin, Saito et Sanosuke ont détruit son cuirassé, Shishio les défient pour la confrontation finale. Suite à la défaite de Misao contre le samouraï aveugle, Usui, Kenshin jure d’épargner la vie de son mentor, Aoshi.
20Coup de poing mortel
Alors que Shishio se prépare à la bataille, un homme de main suggère un plan pour affaiblir Kenshin et ses forces, les débarrassant de toute opposition une bonne fois pour toutes. Alors que le moment de vérité approche, Sanosuke est opposé à Anji.
21Le salut d'Anji
Au cours de la bataille de Sanosuke, le moine déchu se remémore comment sa haine est née au cours d’un mouvement antibouddhiste.
22Le pouvoir de Gatotsu
Alors que Usui est en mauvaise posture, Saito expose le complot organisé par le guerrier aveugle afin de tuer Shishio. Pendant que Kaoru, Yahiko et Misao se préparent à se défendre d’une embuscade, Kenshin se prépare pour son combat contre Aoshi.
23Promesses à tenir
Kenshin compte honorer l'une de ses promesses. Combattre Aoshi et de le ramener à Misao vivant.
24Réveille-toi, Aoshi !
Après avoir été battu par Kenshin, Aoshi jure de renoncer à Shishio. Alors que Shishio cherche un faille dans la technique de Kenshin, Kaoru, Yahiko et Misao se battent pour rester en vie...
25L'attaque de l'Aoya
Alors que Yahiko a dépassé ses limites durant son combat face à un des hommes de Shishio, c’est au tour de Kaoru de mêler au combat.
26L'arme destructrice
Malgré leur faible chance, Kaoru, Yahiko et Misao continuent d’affronter des guerriers envoyés pour les éliminer. Mais c’est l’arrivée du professeur de Kenshin qui change la donne en leur faveur.
27Le Shukuchi
Pendant que Sanosuke regarde, Kenshin se bat avec Souijuro, l’assassin sans émotion responsable de lui avoir brisé son épée. Bien que Shishio soit confiant en la capacité du jeune guerrier, Kenshin peut être en mesure de gagner sans avoir à tuer.
28Une nuit d'orage
Alors que Souijuro dévoile ses sentiments douloureux, Kenshin se souvient comment le jeune assassin a été sauvé d’une vie d’esclavage et a ensuite appris à se battre auprès de Shishio.
29Combat ultime
Face aux interrogations de Kenshin, la concentration de Souijuro s'est soudainement brisée. Alors qu'il est sur le point d'essuyer une défaite, le jeune assassin rend sa précieuse épée à Shishio, l’avertissant du danger qui l’attend.
30Les deux survivants
Alors que Kaoru et Yahiko attendent impatiemment son retour, un Kenshin blessé mais déterminé arrive pour sa dernière confrontation avec Shishio, qui ne veut pas que quiconque se mette en travers de son objectif, autre que de contrôler l’avenir du Japon.
31Moment de gloire pour Shishio
Dans cette bataille tant attendue, Kenshin et Shishio comparent leurs idéologies et les techniques de combat. Mais une fois que Shishio utilise de la poudre pour prendre le dessus, Kenshin semble condamné.
32La roue tourne
Alors qu’Aoshi tente d’arrêter Shishio, Kenshin lance un grand défi à Shishio. Après la défaite d’Usui, Saito expose le complot du guerrier aveugle pour tuer Shishio.
33Shishio contre Kenshin
Le dernier effort de Kenshin pour gagner l’ultime bataille se termine avec Shishio qui s'auto-détruit. Mais à la suite de la victoire de Kenshin, le plus proche assistant de Shishio jure de se venger.
34Le choix de la vie
Après la défaite de Shishio, ses alliés restants confièrent leur sort au gouvernement. Pendant que Kenshin est réuni avec la Force de Paix, le Shishio vaincu jure de prendre le contrôle de l’Enfer.
35Souvenir de Kyoto
Alors que Kenshin soigne les blessures subies dans son combat avec Shishio, Kaoru prépare la Force de Paix pour leur retour au pays.