1Le retour de Shredder
Dans un supermarché, les tortues achètent les ingrédients pour leurs pizzas quand des voyous braquent la caissière et la pillent...
2Une incroyable histoire
Un vaisseau spatial s'écrase dans un lac, proche de l'espace d'entraînement des tortues. Celles-ci sauvent un extra-terrestre à la recherche d'un cristal. Caché dans les buissons, Shredder entend la conversation et parvient à s'emparer du cristal...
3Au fond des égouts
Shredder utilise la force pour récupérer le cristal. A partir d'une goutte de boue verte, il crée une plante monstrueuse dont les ramifications s'attaquent aux Tortues...
4Les machines rebelles
Grâce au cristal qu'il vient de retrouver, Shredder peut perfectionner l'ordinateur OMNUS qui lui donnera non seulement un pouvoir sans limite pour combattre les tortues, mais également la possibilité de contrôler toutes les machines de la ville...
5L'œil du Diable
Shredder s'empare de l'Oeil de Sarnoth, grâce auquel il transmute les objets qu'il envoie aux tortues. Ainsi, il anime un dragon dessiné dans un restaurant chinois. La bête capture les tortues et s'envole...
6Le Délire de pizza
Shredder et Baxter Stockman échangent les boulettes de viande de certaines pizzas, utilisées comme prix dans un concours, avec d'étranges œufs d'extraterrestres de la Dimension X. Les Tortues doivent combattre les créatures qui éclosent des œufs afin de sauver la ville.
7La mouche
Au cours d'une malheureuse expérience de passage interdimensionnel, Baxter se retrouve transformé en mouche. Shredder, lui, décide de s'attaquer à April pour combattre les tortues...
8L'invasion des grenouilles
Shredder organise sa propre armée composée de sept mutants mi-grenouilles mi-hommes, qu'il initie aux arts martiaux. Les grenouilles ne tardent pas à terroriser la ville...
9La tentative ratée
Splinter est désespéré par sa condition d'homme-rat. Donatello propose à ses comparses d'avoir recours au mutagène, un produit chimique qui pourrait rendre à Splinter sa forme initiale...
10New-York la belle
Le maire de la ville crée de nouveaux robots, qui peuvent aider les policiers à capturer les voleurs. Shredder vole l'un de ces robots, afin de le dupliquer, puis de les lancer contre les tortues...
11La jeunesse de la dimension X
De jeunes Neutrinos, Kala, Zak et Dask, arrivent sur Terre et avertissent les tortues du plan fomenté par Shredder consistant à les transformer en zombies...
12La femme de Canal 6
Shredder vient de mettre au point une nouvelle invention, le transporteur de matière. Grâce à cet engin, il envoie Bebop et Rocksteady chez les tortues...
13Le retour du technodrome
Afin de ramener le Technodrome sur Terre, Shredder projette d'assiéger la centrale hydroélectrique des chutes du Niagara. Avec l'aide d'April, les tortues tentent de l'en empêcher...