1Os Penetras
Após Hetty pedir a aposentadoria e sumir, o diretor assistente Shay Mosley chega a Los Angeles para supervisionar a equipe e imediatamente faz mudanças.
2O Palhaço Morreu
Quando a filha de um famoso falsificador chega a Los Angeles, Sam é enviado disfarçado de contador, enquanto Callen se junta a Anna para investigar a mais nova trama da família.
3Ativos
Durante a investigação do assassinato de uma tenente da Marinha de licença em Los Angeles, a equipe descobre informações confidenciais que ela contrabandeou e que podem ter sido vendidas a um estrangeiro.
4À Vista
Depois que armas no valor de US$ 1 milhão são roubadas, as pistas levam a equipe a um evento de caridade chique. Mosley é colocado na lista de convidados, com Callen e Sam como seus seguranças.
5Máscaras
Sam se disfarça de day trader depois que um proeminente banqueiro ligado a um oligarca russo é assassinado. Uma das identidades falsas de Callen é vítima de roubo de cartão de crédito, e Mosley teme que isso sinalize algo maior.
6Posso Chamar Minha Testemunha?
O detetive Whiting pede um favor a Deeks depois que seu ex-parceiro, o tenente Bates, se rebela e apenas Deeks pode pegá-lo.
7O silo
Depois que um capitão da Força Aérea que Kensi namorou dez anos atrás invade uma base de lançamento de mísseis, ela é levada ao local para ajudar a impedir o uso de armas nucleares.
8É Isso que Fazemos
A equipe deve localizar criminosos desconhecidos que cruzaram ilegalmente a fronteira e atacaram a Polícia Rodoviária da Califórnia.
9Duas Vezes Enganado
Callen e a equipe questionam a história da agente da CIA Joelle Taylor, depois que ela escapa de um sequestro e pede ajuda a Callen.
10Forasteira
A equipe busca uma criminosa altamente qualificada determinada a matar um diplomata brasileiro para vingar a morte do pai.
11Está Tudo Claro
A equipe investiga um ataque hacker que derruba a rede elétrica de West L.A. e paralisa a cidade.
12Sob Pressão
Depois que napalm é detectado em uma cena de crime, a equipe investiga se a única vítima tinha ligações com o terrorismo.
13Prisioneiros
Enquanto Hetty é torturada por seus captores no Vietnã, Eric e Nell encontram uma pista de seu paradeiro, levando a equipe a organizar uma missão de resgate com pouca informação.
14Adeus, Vietnã
Callen, Sam, Kensi e Deeks se juntam à equipe de Hetty da Guerra do Vietnã, Sterling Bridges, A.J. Chegwidden e Charles Langston, em uma missão de resgate perigosa e extraoficial para salvar Hetty de seus captores no Vietnã.
15Vínculos
Callen e Sam retiram a filha de Granger, a ex-espiã Jennifer Kim, da proteção de testemunhas para ajudá-los a localizar um espião que obteve materiais para construção de bombas.
16Guerreiro da Paz
Callen não poupa esforços quando o Serviço de Segurança Diplomática prende seu pai, Nikita Aleksandr Reznikov, como parte de uma troca por dois fotógrafos americanos mantidos reféns no Irã.
17O monstro
Enquanto investiga um desaparecimento, a equipe descobre um assassino que faz espetáculos para voyeurs endinheirados. Mosley leva Callen como parceiro em uma missão da ATF para prender alguém de seu passado.
18Vendeta
Callen e Sam se unem a Anna Kolcheck e à Agência de Álcool, Tabaco, Armas de Fogo e Explosivos (ATF), após Arkady Kolcheck avisar a NCIS de que um traficante internacional de armas retornou ao país.
19Ultrapassar os Limites
Depois que uma fazenda de criptomoedas é roubada em mais de US$ 10 milhões em Bitcoin, Sam e Hidoko se disfarçam. Sam retoma um antigo pseudônimo provavelmente exposto.
20Reentrada
Callen, Sam e Nell viajam para a Floresta Angeles para procurar destroços de um foguete, incluindo um dispositivo ultrassecreto do governo. Hetty tenta ajudar Keane a se acostumar à vida no país.
21Onde Todos Sabem o Seu Nome
A NCIS se alia ao FBI depois que um fuzileiro naval morre por um raro gás tóxico. Deeks conta seu sonho de deixar a polícia e abrir um bar.
22Vingança
A NCIS investiga o assassinato de uma detenta federal, filha adotiva de um falsificador.
23Um Fio na Areia
Sam é baleado em um tiroteio com um cartel, e um suspeito revela novas informações sobre o paradeiro de Spencer Williams, o homem que sequestrou o filho de Mosley há cinco anos.
24Nenhuma Saída
A NCIS vai com tudo para resgatar um companheiro e uma criança sequestrada em uma missão ousada em solo estrangeiro, nos dois último episódio da nona temporada.