1Kenshin - Himura Battousai
Himura Kenshin, um andarilho de longa data, acaba sendo abordado por uma jovem espadachim, sendo acusado de ser Battousai, o Retalhador.
2Família de Antigos Samurais - Myoujin Yahiko
Mesmo depois de resolver o caso do falso Retalhador, o Estilo Kamiya Kasshin continua sem aprendizes, o que frustra Kaoru.
3Estilo Kasshin - Renascimento
Pelo resgate do Estilo Kamiya Kasshin, Kenshin decide incentivar Kaoru e Yahiko a se tornarem mestra e aprendiz.
4O Homem da Briga - Sagara Sanosuke
Depois de conseguir assegurar um dinheiro para sobrevivência, Kaoru leva os rapazes para comemorar em um bom restaurante. Lá acabam encontrando uma pessoa peculiar.
5E Então Surge Mais um Companheiro
O relato de Sanosuke explica o motivo de seu rancor com Kenshin, e os dois travam um incrível duelo.
6Kurogasa
Devido a uma situação extremamente preocupante, o chefe da polícia resolve conversar com Kenshin.
7Dois Retalhadores
Kurogasa sequestra Kaoru e deixa uma carta para que Kenshin o encontre na floresta.
8Bela Fugitiva
Em fuga, Takani Megumi se depara com Kenshin e Sanosuke.
9Forte Ataque dos Oniwaban
Kenshin e os demais são atacados por Hyottoko, um dos membros do Oniwabanshuu.
10Razões para Agir
Megumi fica no dojo de Kaoru por um tempo até que as coisas se acalmem, enquanto Sanosuke continua indignado com a circulação do ópio, causa da morte de seu amigo.
11O Feroz Hanya, Shikijouu das Cicatrizes
Kenshin enfrenta Hanya para poder salvar Megumi das garras do Kanryu.
12Chefe Shinomori Aoshi
As motivações de Shinomori Aoshi são reveladas e seu duelo contra Kenshin se intensifica.
13O Fim da Batalha até a Morte
Kanryu ressurge com sua mais recente aquisição, uma metralhadora Gatling, e agora todos precisam se unir para impedi-lo.
14A Batalha de Yahiko
Yahiko tem sumido durante o dia de forma suspeita. Kenshin e os demais resolvem investigar.
15Esse Homem - Raijuuta
Um homem chamado Raijuuta quer se provar o mais forte desafiando todos os dojos da região.
16O Homem Ideal
O atrito entre Raijuuta e Kenshin parece arrefecer, e Yutaro inicia treinos no Dojo Kamiya. Porém, a calmaria não passa do presságio de uma nova tempestade.
17Acerto de Contas
A grave contusão de Yutaro não freia o ímpeto de Raijuuta, mas será combustível de Kenshin para o último acerto de contas entre os espadachins.
18Sanosuke e o Nishiki-e
Sanosuke reencontra um antigo aliado do Sekihotai, o que evoca antigos sentimentos.
19Tsunan e Nishiki-e
Sanosuke embarca no plano de Katsu de lançar bombas no ministério, mas enfrentarão a resistência de um retalhador que apoiou a ascensão do governo Meiji.
20Crônicas de um Espadachim da Era Meiji Capítulo Zero, Parte I
Kenshin conta a Kaoru e aos demais uma de suas crônicas de andarilho, vagando por Yokohama, auxiliando a prática médica de uma pessoa ocidental.
21Crônicas de um Espadachim da Era Meiji Capítulo Zero, Parte II
Kenshin continua contando sua história quando esteve em Yokohama, ajudando um médico estrangeiro.
22O Lobo que Retorna
Estranhamente, Kenshin sonha com seu passado, algo que não acontecia há bastante tempo e isso acaba intrigando o espadachim.
23O Lobo que Mostra suas Presas
Kenshin enfrenta Akamatsu para obter informações, enquanto Saito o espera calmamente no dojo.
2414 de Maio do Ano 11 da Era Meiji
Kenshin descobre o real motivo de Saito tê-lo abordado e fica sabendo de uma situação preocupante.
25Para Kyoto
Todos ficam abatidos com a partida do Kenshin e cada um lida da sua forma sua ausência.
26Na Estrada Tokai de Meiji
Em Edo, Shinomori Aoshi retorna para confrontar o Battousai e encontra um Dojo Kamiya deserto. No caminho para Kyoto, Kenshin conhece Makimachi Misao, mais um elo que o ligará ao chefe da Oniwabanshuu.
27A Vila Abandonada
Entre despistar e colaborar com Misao, pensando apenas na segurança dela, Kenshin se vê em uma vila abandonada pelo governo e sob a tirania de Shishio Makoto.
28Retrato da Família Yashin
Depois do ataque à vila de Eiji, Kenshin e Saito vão até o encontro de Shishio e Senkaku para acertar as contas.
29Novamente Rumando a Kyoto
Depois de enfrentar Senkaku, Kenshin se prepara para batalhar contra Shishio, mas outra disputa acaba entrando no meio.
30Encontro na Floresta
Enquanto busca ficar mais forte, Sanosuke encontra o monge Anji, que demonstra uma técnica que desperta sua curiosidade.
31Chegada em Kyoto
Ao chegar a Kyoto, Kenshin é apresentado a Okina, um senhor que criou Misao, e descobre sobre seu passado, o de Misao e de Aoshi. Enquanto isso, Kaoru e Yahiko também chegam à cidade.
32Juppongatana — Chou
Em meio aos esforços de reunir toda a Juppongatana em Kyoto, Shishio agora já conta com Chou, o primeiro de seus leais soldados, e o envia ao encalço de Kenshin.
33O Saque Tabu
Kenshin se vê em uma situação desesperadora, na qual quer salvar o filho de Seiku, mas não possui uma espada inteira para lutar.
34Sakabatou - Primeira Incursão
Ao encontrar a Sakabatou deixada por Shakku, Kenshin se lembra da primeira vez que sacou sua antiga espada, também dada por Shakku.
35Hikou Seijuurou
Kenshin decide continuar sozinho em sua luta contra o Shishio e reencontra um velho conhecido.
36Reunião do Caos
Kaoru finalmente se reencontra com Kenshin e perde suas palavras diante de quem tanto procurava.
37Aoshi vs. Okina
Enquanto Kenshin volta a treinar com seu mestre para dominar de vez o Estilo Hiten Mitsurugi, o Restaurante Aoiya sofre com as decisões de Aoshi.
38A Decisão de Misao
Depois do acerto de contas entre Aoshi e Okina, Misao toma uma decisão importante sobre seu futuro.
39Entre a Vida e a Morte
Para aprender a técnica suprema do Hiten Mitsurugi, Kenshin precisa revisitar seu passado ao lado de seu mestre.
40Reunião da Juppongatana
Kenshin aprende a técnica suprema do Estilo Hiten Mitsurugi, mas descobre que ela vem com um preço muito alto.
41O Outro Objetivo
Shishio dá a data e hora da execução de seu grande plano, mas para Saito e Kenshin, algo parece estranho.
42Agir é Essencial
Depois de notar o real plano de Shishio, Kenshin e Saito se preparam para ir até Osaka.
43Grande Incêndio de Kyoto, Parte 1
Todos estão a postos, esperando o horário do incêndio para agir, cada um em prol de seus objetivos.
44Grande Incêndio de Kyoto, Parte 2
Quando Kenshin se preparava para enfrentar o temido Shishio, Shinomori Aoshi aparece para acertar as contas.
45Grande Incêndio de Kyoto, Parte 3
Apesar dos esforços, o fogo em Kyoto começa a se espalhar aos poucos e gerar mais vítimas.
46Lágrimas
Após o plano do grande incêndio, Okina tem um pedido a Kenshin e Shishio fará um convite.
47Uma Noite Esplêndida
Depois de evitar o pior, Kenshin e os demais recebem a proposta de duelo de Shishio.