1El alba de Estrella Negra
Un nuevo villano llega a la ciudad, su nombre es Darkstar, comete algunos crímenes y rápidamente llama la atención del equipo.
2Solo con él
Durante una batalla, Ben y un comandante alienígena son teletransportados a un mundo lejano. Deben dejar de lado sus diferencias si quieren tener alguna posibilidad de regresar a la Tierra.
3Copia buena copia mala
Un extraterrestre se hace pasar por Ben con la esperanza de usar su Omnitrix para aniquilarlo.
4¿Bailas?
Kevin invita a Gwen al baile de la escuela; Ben teme estar perdiendo el control del Omnitrix.
5Encubiertos
Cooper es secuestrado por los DNAliens, quienes quieren que construya un arco misterioso.
6Proyecto mascota
Para encontrar y destruir la especie de dragón alienígena, los Caballeros Eternos capturan a Ship para controlar una nave espacial que construyeron con tecnología alienígena para localizar su mundo natal y destruirlos.
7Castigado
Cuando los padres de Ben descubren su capacidad para transformarse en extraterrestres, le prohíben usar el Omnitrix y luego lo castigan para que no lo vuelva a usar. Finalmente, Gwen también es castigada, dejando a Kevin a cargo de detener a los DNAliens.
8Vacíos
Tras recibir Gwen un S.O.S. de Helen, Ben debe adentrarse en el Vacío para salvarla a ella y a Manny. Una vez allí, debe encontrar a la Llave Inglesa para detener a D'Void, quien resulta ser el Dr. Animo, un antiguo enemigo de Ben.
9El hombre interior
Ben y su pandilla rescatan a un prisionero fugitivo de los DNAliens.
10Tal para cual
La pandilla ayuda al príncipe de los arácnidos-chimpancés a recuperar su poder.
11Desenterrados
Ben cuida a un bebé monstruo y ayuda a localizar a sus padres antes de que los DNAliens lo encuentren.
12La guerra de los mundos (Parte 1)
Ben, Gwen y Kevin reúnen a sus aliados para contrarrestar la amenaza de la flota Highbreed que se aproxima. Azmuth revela un secreto sobre el Omnitrix.
13La guerra de los mundos (Parte 2)
Ben va al mundo de los HighBreeds en un intento de detener su ataque a la Tierra.