1Nasce O Estrela Sombria
Quando a equipe encontra atividade dos Cavaleiros Eternos, eles percebem que era uma isca para atraí-los para serem presos por se passarem por Encanadores. Eles são, então, proibidos de continuar as suas investigações sobre a atividade alienígena e Grão-Mestre Gilhil leva o distintivo de Kevin. Ben se prepara para atacar, mas Grão-Mestre Gilhil tenta impedir que Ben e Gwen de atacarem; Ben se transforma em Gosma, prende Grão-Mestre Gilhil e ele solta a arma, o que o torna impotente.
2Compania Solitária
Enquanto a equipe luta contra um Comandante Soberano, Kevin ativa acidentalmente um portal, mandando Ben e o Comandante para o portal. Eles acabam em um planeta deserto chamado Turrawuste. Os dois são forçados a trabalhar juntos para repelir os predadores perigosos do planeta enquanto caminham até a estação de roteamento, tais como um Dravek e Dasypodida, para grande desgosto do Soberano.
3Imitação Barata
Um Galvaniano (a raça que criou o Omnitrix e deu a Ben a forma de Massa Cinzenta) chamado Albedo constrói seu próprio Omnitrix e está permanentemente preso na forma humana de Ben (usando o Omnitrix, o DNA de Ben se tornou um padrão no dispositivo, de acordo com Albedo).
4Reserve A Última Dança
Gwen força Kevin a levá-la para o baile de sua escola, forçando Kevin a pedir conselhos a Ben. No entanto, Ben tem seus próprios problemas, como Friagem assumir seu corpo com cada transformação e começar a comer objetos de metal. Apesar disso, seus instintos maternais levaram coisas boas a Kevin.
5Camuflagem
Kevin, Gwen, e Ben destroem o teleportador que estavam trabalhando e precisam de ajuda para consertar isso. Kevin sugere Cooper, O garoto que tinha ajudado os Tennyson no passado (que também tem uma grande paixão por Gwen). Infelizmente, Cooper foi raptado pelos DNAliens.
6Projeto Mascote
O cientista dos Cavaleiros Eternos, o Dr. Joseph Chadwick, envia Sir Morton para sequestrar Ship de Julie, para que os Cavaleiros Eternos possam usá-lo para produzir em massa uma frota de naves interestelares. Eles, então, planejam utilizar a dita frota para atacar a terra natal do dragão alienígena que escapou.
7De Castigo
Enquanto luta contra um dos Soberanos, os pais de Ben o pegam se transformando em Fogo Fátuo. Eles proíbem ele de usar o Omnitrix, forçando Kevin e Gwen a combater os DNAliens sozinhos. Depois de tentar fugir como Eco, Ben é castigado e ele entrega Gwen, que também fica de castigo, deixando Kevin sozinho.
8Anulado
O episódio começa com Gwen e Ben no quarto de Ben. Ela recebeu uma mensagem de Helen através das suas habilidades telepáticas. De repente, Gwen recebe outra mensagem de Helen, enquanto Kevin entra no quarto; Helen e Manny estão chamam Ben para ajudá-lo a deter um inimigo perigoso no Nulificador. Então, Gwen fica com dor de cabeça e quase desmaia. Gwen diz que todos eles deveriam ir para ajudar, mas Ben diz que ele vai sozinho.
9Infiltrado
A equipe resgata um homem chamado Tyler, que roubou uma Chave Osciloscópica para o Teleportador de hiperespaço dos Soberano. Ele estava em seu caminhão e sofre de perda de memória como ele escapa. Ambos DNAliens ea equipe completa o dispositivo, resultando em uma batalha.
10Diga-me com Quem Andas
Ben, Gwen e Kevin estão rodeados por uma grande quantidade de DNAliens perto de uma floresta. Ben usa Macaco-Aranha para enfrentá-los. Como Kevin e Gwen estão tendo dificuldade para lidar com eles, um Macaco-Aranha diferente, que está fingindo ser Ben, ajuda.
11Desenterrada
Uma operação de mineração dos DNAliens descobre uma nave alienígena, a partir da qual uma criança, de grandes alienígenas é liberada. Ela anda em torno da cidade vizinha coletando itens aleatórios, acabou atraindo a atenção de Ben, Gwen e Kevin. Depois de uma curta batalha, eles percebem que o alienígena é uma criança.
12Guerra dos Mundos - parte 1
Parte 1: No espaço, a frota Soberana foi vista atacando Galvan Prime e Professor Paradoxo chegou para salvar Azmuth que sabia que não havia chances de ser salvo, pois sem os Galvanianos, o universo estaria condenado. Professor Paradoxo salvou Azmuth mesmo assim. Paradoxo chegou para pegar Ben e eles foram para o Sr. Sorvete para encontrar Kevin, Gwen e Azmuth. Paradoxo disse a eles para destruir o portal para impedir a invasão Soberana e eles planejam irem e destruírem o portal.
13Guerra dos Mundos - parte 2
Parte 2: Entrando os quartel-general dos Soberanos, a equipe luta contra Soberanos e DNAliens. Quando Kevin está ameaçado, Gwen, enfurecida, se transforma em sua forma latente Anodita pela primeira vez. Ela quase perde sua humanidade e quer acabar com toda a frota Soberana, mas ao ouvir a confissão vulnerável de Kevin de que ele não pode suportar ficar sem ela, ela retorna ao normal e eles se abraçam depois.