1L'écureuil rouge
Les pingouins rencontrent Buck Rockgut et tombent sous son charme.
2Le chronotron
Kowalski met en péril l'espace-temps avec la machine à voyager dans le temps qu'il a construite.
3Alerte Alligator
Les égouts devenus invivables, les pingouins veulent trouver un nouveau foyer pour Roger.
4Le costume du préfet
Les pingouins doivent protéger le commissaire du zoo de la colère de Frankie le pigeon.
5Pas touche !
Les pingouins découvrent comment Randy est traité au zoo des enfants.
6La nouvelle recrue
Ducky est de retour et l'entraînement imposé par les pingouins a porté ses fruits.
7Le trésor perdu de l'écureuil d'Or
Toute la bande part à la chasse au trésor. Le Roi Rat la suit de près, décidé à mettre la main sur le trésor avant elle.
8La campagne de pub
Sans le savoir, les pingouins sont photographiés en pleine mission.
9Des poux, des poux !
King Julian voit des enfants se courir après en criant : "Des poux ! ". Il en déduit que les poux se transmettent par simple contact.
10Mr Teux
Le Kid Amarillo débarque pour régler un compte avec Mr Teux.
11Le Catacombe Huit
Soldat va-t-il prendre du grade dans l'unité de commando ?
12Me donne pas le cafard !
L'Agent X revient sous l'identité d'Exterminator X.
13Gratte popotin
Les pingouins découvrent qu'un enfant en sortie scolaire au zoo les a surpris dans une mission secrète.
14Histoire de blaireau
Le zoo accueille des nouveaux blaireaux, Becky et Stacey. Marlène tente de rassurer Soldat et fait les présentations.
15Kaboum
Les pingouins envoient Rico aider King Julian et une amitié inattendue se noue entre eux deux.
16Le casque d'or
King Julian vole l'invention de Kowalski, un casque qui réalise les pensées.
17Savio le Boa
Les petits mammifères du zoo disparaissent un à un, et les pingouins soupçonnent Salvio, le nouveau boa constrictor.
18Un koala allumé !
Les pingouins envoient accidentellement Léonard le koala à l'extérieur du zoo.
19Faites un vœu
Les pingouins sont en mission pour réaliser des voeux.
20Poisson d'Avril
King Julian a découvert les poissons d'Avril. Alors qu'on est en Juillet, il fait des farces aux animaux du zoo.
21Mademoiselle Blondinette
Le fabricant de la poupée qui fait office de petite amie pour Rico propose désormais des voix pour leurs poupées.
22Hans le Puffin
Un macareux du passé de Commandant revient et tente de s'emparer de l'habitat des pingouins.
23La Machine qui Rend Invisible
Au vu des nombreux gadgets ratés, Commandant demande à Kowalski d'arrêter la science.
24Un bébé dans le landau
Les pingouins voient passer une poussette et redéfinissent le mot "garderie", suivant le bébé dans New York.
25Le roadster
Rico abîme la voiture des pingouins et doit la reconstruire.
26Okkuu
Kowalski a bientôt terminé sa machine à lire dans les pensées.
27Le bouleversement
Lorsque Commandant est frappé à la tête, il est incapable de mener une mission importante des pingouins.
28Le vol du diamant impérial
King Julian surprend Cecil et Brick, deux criminels qui ont volé un collier de diamants.
29Crise de commandement
Lorsque Commandant est frappé à la tête, il est incapable de diriger les pingouins dans une mission importante.
30Des secrets en pagaille
P'tit gars boit accidentellement le sérum de vérité de Kowalski, et commence à révéler les secrets des pingouins à tout le zoo.
31Préparatifs de Noël
Le zoo est fermé pour Noël. Les animaux du zoo préparent leur fête annuelle, Kidsmas, mais King Julian dédaigne la tradition et les bébés animaux du zoo découvrent la vérité sur la magie du père Noël.
32Bizarroïde Conspiration
Julien redoute un tentative de renversement du pouvoir par Maurice.
33Un penchant pour la peinture
Burt se découvre une passion pour la peinture. Les schémas de l'accélérateur quantique de Kowalski sont mélangées avec les peintures de Burt et finissent au musée.
34L'aiguillon de l'amour
P'tit gars est tombé amoureux de l'infirmière du zoo. Le hic, c'est qu'il ne peut la voir que s'il se blesse...
35L'agent X, le retour
Les pingouins ont un plan pour faire face à la chaleur dont souffrent les animaux du zoo.
36La grosse tête
Kowalski tente de charger son cerveau. Ça se retourne contre lui et il devient bête comme ses pieds.
37Le bras droit
Le zoo accueille un nouveau lémurien, Clemson. King Julian l'utilise comme domestique.
38Pingouins sous capes
Soldat trouve des bandes dessinées et ignore Commandant quand il lui demande de les détruire.
39Opération : "traité de paix"
Soldat découvre Shakespeare et le cite tout le temps.
40Mission Infiltration
Les pingouins apprennent que les rats d'égout préparent un gros coup. Ils ont besoin d'une couverture et Morty fait l'affaire.
41La patate chaude
Les pingouins jouent à la patate chaude... avec une bombe.
42Echange de places
King Julian et Commandant échangent leurs places pour une journée.
43Il ne vous reste que 24 heures
Les pingouins apprennent que Maurice n'a plus qu'un jour à vivre.
44Le trop-mignonomètre
Soldat perfectionne son côté mignon : toute menace potentielle disparaît immédiatement.
45Opération: "échange de voisinage"
Les pingouins en ont marre des fêtes incessantes des lémuriens.
46Savio s'est échappé
Les animaux du zoo paniquent en apprenant que Savio le boa constricteur s'est échappé du zoo d'Hoboken.
47Le Pingouinou
Un rayon change Commandant en bébé par accident. Le fusil à rayons tombe dans les égouts.
48Les harengs marinés
La bande se rend dans l'Atlantique pour manger des harengs.
49L'oncle du p'tit gars
Nigel, l'oncle excentrique de Soldat, vient rendre une visite rapide à son neveu.
50Un zoo en pleine crise
Le pire cauchemar des pingouins s'est réalisé. Après un voyage qui a mal tourné, ils échouent au zoo d'Hoboken. Étrangement, les animaux sont contents, le zoo est un paradis et tout va pour le mieux.
51La nouvelle revanche du Docteur Blowhole
L'ennemi des pingouins, le docteur Blowhole, est de retour avec un plan des plus diaboliques.
52La famille Vésuvio
Les fameux jumeaux Vesuvio ont adopté Commandant et King Julian et les ont installés dans leur appartement luxueux.
53Les nanorobots
Kowalski a réalisé une nouvelle invention spectaculaire.
54Opération "super bonne action"
Les pingouins sont inspirés par la bonne action d'un visiteur du zoo.
55Pour un sachet de chips
Soldat et Morty sont aspirés par un distributeur de friandises.
56Le temps mort
La machine à arrêter le temps de Kowalski tombe entre les pires mains possibles, celles de King Julian.
57L'agent Buck Rockgut
L'agent secret Buck Rongett fait un retour "triomphant".
58Les tripes du Commandant
Les animaux du zoo pensent que Gladys, la vieille dame, s'est fait mal à cause de King Julian.
59L'invexpo
S'étant cassé les deux pattes, Kowalski ne peut réaliser son rêve : se rendre au salon des inventions.
60L'ennemi juré
Soldat se découvre un ennemi juré en la personne de Dale l'escargot.
61Le projet S.T.A.N.K.
King Julian se passionne pour les toilettes géantes construites par les pingouins.
62Opération Antarctique
Le grand coeur de Soldat l'emporte sur sa raison et son envie de fuir lorsqu'il aide un léopard de mer en détresse à quitter New York pour rentrer chez lui, en Antarctique.
63Le tunnel
Les pingouins se rendent compte que le zoo est calme la nuit. Trop calme. Quelque chose cloche.
64Dodo contre dodo
Les pingouins se font un nouvel ami : un dodo qu'ils ont cloné et fait revenir à la vie.
65L'Arc-Amoroso-Laser
Obnubilé par Doris le dauphin, Kowalski invente un rayon d'amour.
66Les Tremblotox
Salle d'audience. Flashback. Kowalski produit une version plus petite de Jiggles.
67Le Calamar
Le robot Lemmy revient de Mars avec un calamar extraterrestre.
68On arrête tous les jeux
Marlène organise une soirée jeux pour rapprocher les animaux du zoo les uns des autres.