1Le retour des Decepticons
Optimus Prime et les Autobots enquêtent sur le retour des Decepticons, tout en étant obligés de travailler pour un groupe de jeunes humains qui, sans le savoir, sont impliqués dans ce conflit...
2Le retour de Megatron
Quand un signal de vie faible provenant de Cliffjumper est reçu, les Autobots se déploient et sont accueillis par Megatron qui, de retour, a obtenu une substance mystérieuse et puissante, l'Energon obscur...
3L'enlèvement
Bulkhead part sauver l'agent Fowler, qui s'est fait kidnapper par les Decepticons. Les choses se compliquent quand il remarque que Miko l'a suivi...
4L'avènement des ténèbres
En utilisant l'Energon Noir, Megatron rassemble une armée de morts-vivants pour combattre Optimus, tandis que les autres Autobots lancent une mission de sauvetage sur le vaisseau Decepticon...
5La résurrection
Megatron relie son pont spatial à Cybertron pour y acheminer de l'Energon noir, dans le but de ressusciter les morts cybertroniens. Pour faire avorter ce plan, les Autobots n'ont d'autre choix que de faire exploser le pont spatial, leur seul espoir de retourner un jour sur Cybertron...
6Skyquake, le retour
Tandis qu'Optimus Prime et Bumblebee affrontent Skyquake, Starscream voit son autorité sans cesse remise en question...
7Les dévoreurs
Arcee et Optimus partent en expédition dans l'Arctique. Pendant leur absence, la base est envahie par des dévoreurs, de minuscules bestioles qui raffolent du métal. Jack, Miko et Raf vont devoir aider leurs amis Autobots à se débarrasser de ces insectes...
8L'imposteur
Bulkhead est impatient de recevoir la visite de son vieil ami Wheeljack, mais lorsqu'il arrive enfin, tout ne se passe pas comme prévu...
9Le SGND
Les Autobots, en mode véhicule, assurent le transport du SGND, le système de génération nucléaire dynamique, mais se voient attaqués par la Mech, une organisation d'humains. Les Decepticons apparaissent aussi et se mesurent aux Autobots, qui n'ont d'autre choix que de faire tomber leur couverture, révélant ainsi leur identité à la Mech...
10Deus Ex Machina
Miko et Bulkhead se rendent en Grèce pour retrouver un Moissonneur d'Energon. Malheureusement, les nouveaux Decepticons Knock Out et Breakdown s'y intéressent également...
11A toute vitesse !
Vince, un garçon qui est dans la même école que Jack, le défie à une course. Arcee, au début réticente, finit par accepter et ils remportent l'épreuve. Mais Jack ne se contente pas de cette seule victoire et, malgré lui, risque la vie de plusieurs personnes...
12Prédateur
Arcee emmène Jack pour ce qui semble être une mission de routine, mais elle rencontre une vieille ennemie et doit affronter ses peurs les plus intimes...
13Dans l'esprit de Megatron
Alors qu'il était en mission avec Ratchet, Optimus se fait contaminer par la peste. Ratchet n'a pas le bon remède pour guérir Optimus. Mais il connaît les coordonnées du vaisseau des Decepticons. Arcee et Bumblebee s'y rendent pour chercher le remède mais ne trouvent rien. Ils tombent sur un Megatron inconscient. S'ils veulent sauver Optimus, ils n'ont pas le choix, ils doivent pénétrer dans la tête de Megatron...
14Bumblebee sous contrôle
L'esprit de Megatron se trouve dans le corps de Bumblebee et il tente d'en prendre le contrôle pour retrouver son propre corps. Pendant ce temps, Optimus, Arcee et Bulkhead prennent la direction du Pôle Nord pour empêcher Starscream de faire fondre la calotte glacière..
15Zone d'ombre
A la suite d'un disfonctionnement du Pont Terrestre, les enfants se retrouvent coincés dans une autre dimension. Et ils se retrouvent en compagnie d'un Skyquake réanimé...
16Opération Breakdown
Breakdown se fait capturer par la Mech, qui a l'intention de récolter des données sur son fonctionnement. Contre toute attente, Bulkhead, son plus grand ennemi, le sauve...
17La vengeance d'Airachnid
Pour se venger de Jack et d'Arcee, Airachnid fait équipe avec la MECH pour enlever June Darby, la mère de Jack...
18Attraction métallique
Arcee et Bulkhead voient leurs efforts pour arrêter une patrouille Decepticon contrariés par un appareil magnétique...
19Le huis clos
Miko, Bulkhead, Jack et Arcee se retrouvent dans une mine en même temps que Megatron et Starscream. La mine s'effondre...
20L'immobiliseur
Airachnid et Starscream font équipe pour retrouver une arme dans la carcasse d'un vaisseau Decepticon échoué sur Terre. Lorsque Starscream est fait prisonnier pas Optimus Prime, il demande à rejoindre les rangs des Autobots...
21La formule invasive
Le cerveau de Bulkhead est accidentellement colonisé par la formule secrète de l'Energon synthétique, et le malheureux Autobot se transforme en intellectuel, tandis que les Decepticons le pourchassent pour lui soutirer ses secrets...
22La métamorphose de Ratchet
Ratchet s'injecte une dose d'Energon synthétique. Il devient plus fort et plus rapide mais commence aussi à contredire Optimus et à le désobéir. Ce qui le mène presque à sa perte...
23La prophétie
Persuadé qu'une ancienne prophétie est sur le point de se réaliser, Megatron part à la recherche du point où il pourra établir son Pont Spatial. Rafael est infecté par de l'Energon Noir pendant un combat...
24Le réveil d'Unicron
De violents orages et tremblements de terre frappent la Terre. Ces phénomènes sont dûs au réveil d'Unicron. Les Autobots découvrent que si Unicron s'active, l'humanité tout entière risque de disparaître...
25L'offre de Megatron
Les Autobots sont face à un dilemme : ils doivent détruire Unicron, le noyau de la Terre, sans mettre les humains en danger. Megatron leur fait une proposition risquée, mais peuvent-ils la refuser ?...
26Dans le coeur d'Unicron
La Terre subit d'énormes raz de marée, des séismes et des bouleversements météorologiques. L'équipe d'Optimus, accompagnée de Megatron, tente d'atteindre le Spark d'Unicron afin de le détruire grâce à la Matrice de Commandement. Pendant ce temps, Ratchet raconte aux enfants l'histoire d'Orion Pax, qui devint plus tard Optimus Prime...