1Orion Pax: Partie 1
Mégatron manipule un Optimus désorienté (perdu sa mémoire suite à l'utilisation de la Matrice) pour qu'il rejoigne les Décepticons.
2Orion Pax: Partie 2
Jack trouve le moyen de rendre la mémoire à Optimus: Avec l'aide de la clé pour Vector Sigma sur Cybertron.
3Orion Pax: Partie 3
Optimus se rebelle contre Mégatron pendant que les Autobots tentent de récupérer leur chef via la mission sur Cybertron.
4Opération Bumblebee partie 1
Bumblebee doute de sa place dans l'équipe Autobot après un échec.
5Opération Bumblebee partie 2
Bumblebee découvre que MECH et Starscream sont responsables de ses malheurs et Ratchet affronte ses démons de son passé Cybertronien (Son échec d'avoir pu convenablement réparé les cordes vocales de Bumblebee après que Mégatron l'ait laissé quasi détruit.).
6Le Retour de Wheeljack
Wheeljack revient sur Terre à la recherche d'un Décepticon nommée Dreadwing. Optimus Prime commence à avoir des soupçons sur les réels motifs de Wheeljack de revenir sur Terre.
7Trahisons
Arachnid et Starscream tentent de contrôler un guerrier Insecticon apparu sur Terre.
8Nemesis Prime
M.E.C.H. se crée un clone d'Optimus Prime, nommé Némésis Prime, et le télécommande pour qu'il ravage une base militaire. Naturellement, le vrai Optimus est blâmé pour cette destruction, et l'armée des États-Unis devient hostile. Les Autobots essayent alors de retrouver ce clone et ainsi prouver l'innocence d'Optimus.
9Question de confiance
L'agent Fowler a quelques explications à fournir sous la menace d'un tribunal militaire a propos de la dissolution de l'équipe d'Optimus Prime.
10L'Armada
Bulkhead se retrouve piégé à bord du Nemesis alors que Mégatron est presque deux fois assassiné.
11Perte de contrôle
Lorsque le Nemesis menace l'humanité... Jack, Miko et Rafael sont les seuls qui peuvent y mettre fin.
12Aliens dans le métro
Arcee et Bumblebee affronte Mégatron dans les sous-sols New-yorkais, alors que ce dernier cherche la 4ème relique de Iacon.
13La Seconde Relique
Optimus Prime se rend en Antarctique pour traquer quelques reliques des voûtes de Iacon, mais c'est là qu'il se retrouve pris entre des alliances changeantes.
14Virus
Lors d'une chasse pour une relique, Ratchet et Wheeljack obtiennent une occasion unique en son genre quand le séide volant de Soundwave, Laserbeak, est désactivé.
15Energon toxique
Se déroulant en même temps que les épisodes "Tunnel Vision", "Triangulation" et "triage"... Bulkhead va sur une île volcanique de l'équateur afin de trouver la 4e et dernière relique de Iacon, pour seulement y découvrir qu'il s'agit d'un morceau de Tox-En , une forme d'Énergon hautement toxique. Alors qu'il tente de disposer de la Tox-En en la jetant dans un volcan, il est confronté à un groupe d'Insecticons dirigé par le féroce Hardshell.
16Vengeance
Encore sous le choc du combat presque fatale pour Bulkhead contre Hardshell durant la chasse aux reliques, Wheeljack et Miko décide de prendre les choses en mains en traquant Hardshell pour venger Bulkhead.
17Coéquipiers
Lorsqu'Arcee se retrouve en compagnie d'un vieil ami inattendu, ensembles ils découvrent un complot secret et élaboré que prépare les Décepticons afin de détruire à jamais les Autobots et revendiquer victoire.
18Nouvelle Recrue
Pendant que Starscream part à la recherche pour trouver de l'Énergon Rouge, un nouvel Autobot devient membre de l'équipe Prime. Tandis qu'Optimus Prime & Mégatron s'affronte à nouveau dans une bataille épique pour le contrôle de la Terre; les Autobots et les Décepticons trouvent quelques indices qui pourraient faire jouer dans la balance de cette la guerre et peut-être restaurer Cybertron.
19L'Homme et la Machine
Blessé fatalement, Silas est fusionné par M.E.C.H. avec le corps du Décepticon Breakdown. Maintenant un TF, Silas veut rejoindre les Décepticons et propose à Mégatron le "projet Damoclès", un satellite équipé d'un canon laser, capable de viser sur Terre. Pour contrer cette arme, les Autobots demande l'aide de Raf qui réussit à pirater le système et faire échouer l'attaque du satellite. Mégatron rappelle Silas à revenir au vaisseau et lui ordonne d'être disséquées par Knock Out
20Héritage
Les Autobots sont leurrés par les Décepticons de l'emplacement réelle d'une relique, l'épée "Star Saber". La relique est enfoncé dans une montagne et ne peut être enlevé que par un chef Autobot, un "Prime". Smokescreen et Jack en équipe, découvre l'emplacement et Ratchet informe les autres. Optimus Prime récupère alors l'épée et envois avec une puissante attaque au vaisseau Décepticon qui prend fuite. Retour à la base, Optimus Prime reçoit alors un message d'Alpha Trion via l'épée "Star Saber".
21L'Alpha et Oméga
Mégatron essaie d'acquérir la puissance des Primes pour lui-même en déchiffrant les secrets des mystérieuses clés Oméga.
22Coup bas
Mégatron essaie d'acquérir la puissance des Primes pour lui-même en déchiffrant les secrets des mystérieuses clés Oméga.
23La Dernière Clé
Smokescreen est capturé puis apprend en même temps l'emplacement de la clé d'Oméga et tente alors de récupérer toutes les autres clés volées.
24Réintégration
Starscream propose une trêve à Mégatron mais Dreadwing menace de s'interposer sur son chemin.
25Retour sur Cybertron
La quête pour retrouver les clés d'Oméga amène les Autobots et les Décepticons à retourner sur Cybertron pour s'y battrent.
26Le Nouveau Kaon
Mégatron met en marche les clés d'Oméga qui commence à faire revivre Cybertron en utilisant l'énergie vitalle de la Terre, qui la transformerait en planète morte, au point qu'Optimus est forcé de détruire les clés d'Oméga, condamnant Cybertron dans le processus. Mégatron lance une attaque de front sur les Autobots, parvenant à trouver leur base et les forces ainsi les Autobots à s'enfuir en solo, afin de mieux se cacher pour une future contre-attaque. Seul Optimus est pris sous les décombent de l'ancienne base Autobot une fois détruite par les Décepticons... est-ce la fin pour Optimus?