1Le Règne de Mégatron
Optimus se bat pour survivre après la destruction de la base Autobot; les membres séparés de l'équipe Autobot "Prime" essaient de se reconnecter.
2Le Secret de Shockwave
Les Autobots tentent de chercher des signes des autres Autobots, les Décepticons accueillent un nouveau dans leurs rangs; une victoire de Wheeljack pourrait conduire à une défaite des Autobots.
3Ultra Magnus
Un nouvel Autobot, Ultra Magnus, arrive au même moment que les Décepticons libérent leur chasseur ultime "Predaking".
4Rébellion
Les Décepticons qui rispostent farouchement à l'assault contre la citadelle des Décepticons par l'équipe Prime (Autobots) dirigés par Ultra Magnus qui tentent le tout pour le tout pour une victoire anticipé avec l'aide d'un courageux Autobot: Le retour d'Optimus remis sur pied de ses blessures par le marteau de Solus.
5Les Clones de Shockwave
Les Décepticons lancent un nouveau plan pour cloner une armée de bêtes.
6Predator
Starscream est chargé par Megatron du dressage de la Bête. Ce n'est pas une mince affaire, mais c'est le meilleur moyen de contrer les Autobots qui viennent de découvrir et d'investir la mine d’extraction des ossements de Bêtes...
7Wrecker un jour, Wrecker toujours
Un nouvel os de Predacon est découvert dans un musée. Mais Optimus n’est pas rentré avec son équipe. L'agent Fowler et June décident de récupérer seuls le précieux vestige. Mais ils tombent dans les bras de Knock Out...
8Les Mutants de l'Energon noir
Starscream découvre que Knock Out utilise Cylas comme cobaye pour ses expériences sur l'énergon synthétique. Il y voit une chance de surpasser Shockwave et son Predacon, en essayant de construire son propre super soldat...
9La Menace Predacon
Mégatron questionne les résultats du projet Prédacon.
10Complot planétaire
Les Autobots interrogent un ennemi capturé, Soundwave, pour des informations concernant les plans de Mégatron; Mégatron relance un vieux projet.
11L'Otage
Mégatron demande de l'aide à Ratchet; Optimus s'attaque au Prédacon.
12L'Ultime Affrontement
Les Autobots tentent de sauver l'un des leur (Ratchet) en traquant le vaisseau "Némesis" des Décepticons.
13La Reconstruction
Au moment où les Autobots sont enfin en mesure de prévoir un révitalisation de leur planète d'origine, ils doivent, aux côtés de leurs compatriotes humains, confrontés les vils Decepticons déterminés dans une bataille finale pour l'avenir ultime de la civilisation.